並列配列相同性検索プログラム「GHOST-MP」講習会

配列相同性検索プログラムGHOST-MPの講習会とSCLS計算機システム（京互換機）を用いた実習を開催します。

GHOST-MPは、高速な配列相同性検索を行うGHOSTXアルゴリズムを、分散メモリシステム向けに並列化したソフトウェアです。次世代 シークエンサー等で得られた大量の短い塩基配列またはアミノ酸配列を入力し、アミノ酸配列データベースに対する相同性検索を 短時間で実行でき、メタゲノム解析などの用途に適します。講習会では、GHOST-MPのしくみと利用方法を説明し、GHOST-MPを 用いたメタゲノムデータ解析の実習を行います。

主催／共催／協賛

【主催】
HPCI戦略プログラム 分野1「予測する生命科学・医療および創薬基盤」（代表機関：理化学研究所）
【共催】
産業技術総合研究所 ゲノム情報研究センター（CBRC）
特定非営利活動法人バイオグリッドセンター関西
公益財団法人都市活力研究所
【後援】
理化学研究所情報基盤センター
バイオスーパーコンピューティング研究会

日時

2015年3月20日(金) 13：00～16:30 (12:30より受付開始)

場所

産業技術総合研究所・臨海副都心センター 別館8階 コラボレーションコーナー

アクセスはこちら

参加費

無料

定員

10名 (先着順でお申し込みを受け付けます。定員になり次第終了します。)

参加申し込み

下記の項目をご記載のうえ、scls-mado[at]riken.jp宛にメールでお申し込み下さい。

• 氏名
• 所属(会社名、学校名等)
• 部署名・学部学科名等(詳細をご記載ください)
• 住所
• 電話番号
• 職種
• 年齢 (10歳代、20歳代、30歳代、40歳代、50歳代、60歳代、70歳代、80歳代)
• ご自身のバックグラウンド
• Linux/Unix利用経験 (ほとんど使ったことが無い、たまに使う程度、頻繁に使っている)
• 並列計算機やスーパーコンピュータの使用経験: (あり、なし)
• 受講動機 (できるだけ詳しく教えて下さい)
• この講習に期待することやご希望等あれば教えて下さい

※本プログラムは文部科学省支援の下、理化学研究所によって実施・委託されており、アンケートおよび事後追跡調査等へのご協力をお願いすることがあります。

受講者には事務局から事前準備についてお知らせしますので、指示に従ってご準備をお願いいたします。

（注）SCLS計算機システム利用アカウント申請にあたっては、SCLS計算機システム利用公募の「応募資格」を満たしていることが条件となります。満たさない方は受講できません。

実習は、受講者が各自持参するノートPC から京互換機にリモートログインして行います。実習用PCは無線LAN必須、最新のウイルスチェッカーがインストールされているものをご持参ください。

問い合わせ先

理化学研究所 HPCI 計算生命科学推進プログラム
scls-mado[at]riken.jp