分子動力学計算でフリーのソフトウェアはありますか？

遺伝子ネットワークとは、なんですか？

SCLS計算機システムではどのようなプログラムが高速化できて、どのようなプログラムは高速化できないのでしょうか?

製薬企業が日常使用しているアプリケーション（市販のものも含む）は自由に使えるのでしょうか?

分子動力学計算でフリーのソフトウェアはありますか？

スーパーコンピュタ「京」向けに開発され、他の計算機環境でも稼働するソフトウェアについては「ソフトウェア一覧」を参照ください。また、「リンク集」にも示しているNAMDと、「GROMACS」に示していますGROMACSもあります。

遺伝子ネットワークとは、なんですか？

遺伝子ネットワークは遺伝子と遺伝子の関係をネットワーク（遺伝子はノード、リンクは関係）で示したものですが、「関係」の意味は遺伝子ネットワークを解析している研究者や解析ソフトウェアによって異なります。
例えば、ある細胞をいろいろと刺激した結果得られる遺伝子発現プロファイルデータ（これは次世代シークエンサーやDNAチップで計測されます）を基に、遺伝子間の相関関数を計算し、遺伝子ネットワークを描くことがあります。この場合には、「関係」は相関を意味し、リンクは方向性を持たない線で描かれます。一方、Bayesianネットワークの方法（SiGN-BNを参照ください）で解析した場合には、「関係」は統計的因果関係を示し、リンクは原因と結果の方向性を持ったリンクとなります。

SCLS計算機システムではどのようなプログラムが高速化できて、どのようなプログラムは高速化できないのでしょうか?

SCLS計算機システムは並列計算機であり、並列処理の効率を向上するためのさまざまな機能を搭載しています。これらの機能を有効に活用することにより、並列処理を行うプログラムの高速化が期待できます。逆に、並列処理を行わない逐次プログラムはSCLS計算機システムの性能を発揮することができず、高速化は期待できません。

製薬企業が日常使用しているアプリケーション（市販のものも含む）は自由に使えるのでしょうか?

SCLS計算機システムにはいくつかのアプリケーションがインストールされており、それらは自由にご使用頂けます。インストールされていないアプリケーションについても、利用者自身でコンパイルなど実行環境を構築して頂く事で使用可能です。有償のアプリケーションについては、費用やライセンス等の問題がありご使用頂けません。