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SCLS Symposium2015
Program
DAY1: International Workshop on Current Topics
| Tuesday, October 20 Note: Click the title for pdf of abstracts | |
| 9:30 – 10:00AM | Registration |
| Opening Remarks | |
| 10:00 – 10:10AM | Yoichiro Matsumoto, RIKEN |
| 10:10 – 10:20AM | Toshio Yanagida, RIKEN |
| Session 1: Challenge for the Slow Motions of Biomolecules by Advanced MD Simulation Methods (Chair: Yuji Sugita, RIKEN) |
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| 10:20 – 10:50AM | Impact on Nucleosome Dynamics via Histone Variants and Post-Translational Modifications Hidetoshi Kono, Japan Atomic Energy Agency |
| 10:50 – 11:30AM | Millisecond Dynamics of RNA Polymerase II Translocation at Atomic Resolution Xuhui Huang, The Hong Kong University of Science and Technology |
| (90 minutes) | Lunch (and Poster Set-Up) |
| Session 2: GROMACS: Its Applications and Future (Chair: Hideaki Fujitani, The University of Tokyo) |
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| 1:00 – 1:30PM | Molecular Simulation for Antibody Drug Development Keiko Shinoda, The University of Tokyo |
| 1:30 – 2:10PM | The Path to Exascale Molecular Simulation: Parallelization, Acceleration, and Ensemble Simulation Techniques to Understand Biological Macromolecules Erik Lindahl, Stockholm University and KTH Royal Institute of Technology |
| 2:10 – 3:10PM | Poster Session (and Coffee Break) |
| Session 3: Integrated Simulation of the Basal Ganglia Circuit for Understanding Its Function and Pathology (Chair: Shu Takagi, The University of Tokyo) |
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| 3:10 – 3:40PM | Can an Integrated Model of the Basal Ganglia-Thalamo-Cortico-Spinal Network and the Musculoskeletal System Reproduce Healthy and Pathological Motor Behaviors? Kenji Doya, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University |
| 3:40 – 4:20PM | Sensing Positive Versus Negative Reward Related Signals in the Direct and Indirect Basal Ganglia Pathways – A Computational Investigation of Read-Out Mechanisms Jeanette Hellgren Kotaleski, KTH Royal Institute of Technology |
| (20 minutes) | Coffee Break |
| Session 4: Biomedical Big Data Analysis (Chair: Hideo Matsuda, Osaka University) |
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| 4:40 – 5:20PM | Breast Cancer Phenotype Characterization by Network-Based Omics Data Analysis Sun Kim, Seoul National University |
| 5:20 – 5:50PM | Supercomputers for Cancer Research and Cancer Big Data Satoru Miyano, The University of Tokyo |
| 6:00 – 8:00PM | Reception |
DAY2：HPCI戦略プログラム 分野１「予測する生命科学・医療および創薬基盤」成果報告会
| １０月２１日(水) ※タイトルをクリックすると要旨pdfへ移動します | |
| 9:00 – 9:30AM | 受付 |
| オープニング | |
| 9:30 – 9:35AM | 工藤 雄之 (文部科学省 研究振興局 参事官(情報担当)付 計算科学技術 推進室室長) |
| 9:35 – 9:45AM | 柳田 敏雄 (理化学研究所HPCI計算生命科学推進プログラム プログラムディレクター) |
| 研究報告 課題１｢細胞内分子ダイナミクスのシミュレーション｣ GL 杉田 有治 (理化学研究所杉田理論分子科学研究室) |
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| 9:45 – 10:15AM | バクテリア細胞質の全原子分子モデルと大規模分子動力学シミュレーション 杉田 有治(理化学研究所杉田理論分子科学研究室) |
| 10:15 – 10:30AM | 上皮成長因子応答経路の１分子粒度シミュレーション 高橋 恒一 (理化学研究所生命システム研究センター) |
| 10:30 – 10:45AM | リン酸化酵素反応機構の理解に向けた自由エネルギー解析 林 重彦 (京都大学大学院理学研究科) |
| 10:45 – 11:00AM | MD/SAXS法を用いた核内DNA結合タンパク質の機能構造シミュレーション 池口 満徳 (横浜市立大学生命医科学研究科) |
| 11:00 – 11:15AM | 粗視化分子モデルを用いたリン酸化酵素複合体とクロマチンの動的モデリング 高田 彰二 (京都大学大学院理学研究科) |
| 11:15 – 11:35AM | 課題１ 質疑応答 |
| 研究報告 課題２｢創薬応用シミュレーション｣ GL 藤谷 秀章 (東京大学先端科学技術研究センター) |
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| 11:35AM -12:05PM | リガンドによるタンパク質の構造変化と結合自由エネルギー 藤谷 秀章 (東京大学先端科学技術研究センター) |
| 12:05 – 12:15PM | 課題２ 質疑応答 |
| 12:15 – 1:15PM | 昼食 (60分) |
| 1:15 – 2:15PM | ポスターセッション (60分) |
| 研究報告 課題３｢予測医療に向けた階層統合シミュレーション｣ GL 高木 周 (東京大学大学院工学系研究科) |
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| 2:15 – 2:45PM | 抗血小板薬効予測のためのマルチスケール血栓症シミュレーションと筋繊維の集合体としての骨格筋のシミュレーション 高木 周 (東京大学大学院工学系研究科) |
| 2:45 – 3:00PM | 抗血小板薬薬効予測を可能とする階層統合シミュレータの開発に向けたモデリング 後藤 信哉 (東海大学医学部内科学系) |
| 3:00 – 3:15PM | 心疾患の合理的治療のためのマルチスケール・マルチフィジックス心臓シミュレーション 久田 俊明 (株式会社UT-Heart研究所) |
| 3:15 – 3:30PM | ヒトの運動器、運動神経、感覚神経からなるシステムの統合シミュレーション 中村 仁彦 (東京大学大学院情報理工学系研究科) |
| 3:30 – 3:45PM | コンプライアントな生体筋・腱系に駆動されるヒト骨格系の運動制御に対して大脳基底核が果たす役割の数理モデル化 野村 泰伸 (大阪大学大学院基礎工学研究科) |
| 3:45 – 4:05PM | 課題３ 質疑応答 |
| 4:05 – 4:15PM | 休憩 (10分) |
| 研究報告 課題４｢大規模生命データ解析｣ GL 宮野 悟 (東京大学医科学研究所) |
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| 4:15 – 4:45PM | 大規模データ解析：「京」で初めて見えた世界 宮野 悟 (東京大学医科学研究所) |
| 4:45 – 5:00PM | 大規模生体分子ネットワーク解析による脂肪細胞のエネルギー消費への転換機構の解明 松田 秀雄 (大阪大学大学院情報科学研究科) |
| 5:00 – 5:15PM | 次世代シークエンサデータ解析のための情報処理システムの開発 秋山 泰 (東京工業大学大学院情報理工学研究科) |
| 5:15 – 5:25PM | 課題４ 質疑応答 |
| 5:25 – 5:35PM | 休憩 (10分) |
| 成果報告 計算科学技術推進体制の構築 VPD 江口 至洋 (理化学研究所HPCI計算生命科学推進プログラム) |
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| 5:35 – 6:15PM | 計算生命科学の教育とアウトリーチ－現在と未来－ 江口 至洋(理化学研究所HPCI計算生命科学推進プログラム) |
| 6:15 – 6:25PM | クロージング・ポスター賞発表 |
GL=Group Leader
VPD=Vice Program Director
プログラム（印刷用PDF）はこちらからご覧になれます。
