GROMACS-Viewer

1. プログラム名

GROMACS-Viewer

2. 開発責任者

理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム

3. 概要

標的タンパク質とリガンドとの結合の自由エネルギーを精確に求めるためには、標的タンパク質とリガンドの結合状態(リガンドがその機能を正しく発現している結合状態)を決定する必要がある。X線結晶構造解析によって、標的タンパク質とリガンドの共結晶構造が得られていても、それを初期状態として分子動力学計算を行うと個々の原子は大きく揺れ動き、さらにはdriftし、どの時点での状態を自由エネルギー計算にあたっての初期状態とすべきか、明確な基準を定めにくい。また、共結晶構造のデータがない場合にはDocking Simulationの結果を初期状態とするが、同じ問題が発生する。このような状況の中で、研究者がタンパク質とリガンドの初期構造を定めるための支援システムが求められている。
GROMACS-Viewerは、分子動力学シミュレーションソフトウェアGROMACSから得られた立体構造座標やトラジェクトリを可視化するソフトウェアである。主な特徴は、下記の通りである。

参照構造ファイル(.pdb, .gro)やトラジェクトリ(.xtc)を入力とし、分子構造を表示
データファイル(.xvg, .xpm, .gro)を入力とし、2次元グラフを表示
分子構造と複数の2次元グラフを、トラジェクトリの時系列で同期して表示

4. ソフトウェアのダウンロードおよび実行

(1)動作環境

Microsoft Windows 7/8/8.1またはLinux kernel 2.6以上(glibc 2.12以上)
JRE 7

(2)実行環境のダウンロード

各種ライブラリ(xdrfile[1]を改変したソースコード含む)を同梱した実行環境のダウンロードはこちら。
利用者マニュアルのダウンロードはこちら。

(3)ソースコードのダウンロード

GROMACS-Viewerのソースコードのダウンロードはこちら。
GROMACS-Viewer向けに改変したjV[2]のソースコードはこちら。
GROMACS-Viewer向けに改変したxdrfile[1]のソースコードはこちら。

5. ライセンス

Binary and Source Code License Agreement for GROMACS-Viewer 1.0

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Redistributions of source code must retain the above copyright notice,this list of conditions and the following disclaimer.

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