BioSupercomputing Newsletter Vol.6

Home -> Newsletter -> Vol.6

SPECIAL INTERVIEW
ISLiM 成果報告会2011

理化学研究所 次世代計算科学研究開発プログラム
田村 栄悦

 2011年も押し迫った12月21日(水) 0 22日(木)の両日、東京大学本郷キャンパスにある武田ホールにおいて「ISLiM成果報告会2011」が開催されました。
 次世代生命体統合シミュレーションソフトウエアの研究開発(ISLiM)プログラムは、スーパーコンピューター「京」の開発に併せて、生命現象に対する理解を深め、特に創薬・医療に役立てることを目的に2006年10月に発足しましたが、終了まで一年を残すところとなりました。14研究機関の研究者の努力により、大規模かつ高精度のシミュレーションを効率良く実行するためのISLiM開発ソフトウェアの並列化チューニングも、33本のソフトウェアを対象に、京を使用して着々とすすんでいる状況です。そうした中、ISLiM成果報告会2011には、産業界、大学、公的研究機関等から141名の創薬・医療等の専門家にご参加をいただき、ISLiM ソフトウェア開発者が二日間にわたってその最新成果を発表しました。
 はじめに次世代計算科学研究開発プログラムの茅幸二プログラム・ディレクターがオープニング・スピーチを行ないました。続いて、姫野龍太郎副プログラム・ディレクターが、2011年4月以降(一部は3月)から京を実際に使用して開発を進めているアプリケーションソフトウェアの最新の開発状況と性能データ(暫定値)を紹介しました。2012年11月の京の本格稼働に向けてISLiM ソフトウェアの最適化を鋭意進めている状況にあり、すでに一部のソフトウェア (cppmd やZZ-EFSI)は、京のピーク性能の20% 0 30%の実効性能値(暫定値)に達しています。今後さらに性能向上に努めると共に、これらのソフトウェアを普及させる方向に力をシフトするということでした。このあとISLiM 全6チーム(分子スケール研究開発チーム、細胞スケール研究開発チーム、臓器全身スケール研究開発チーム、データ解析融合研究開発チーム、脳神経系研究開発チームおよび生命基盤ソフトウェア開発・高度化チーム)のチームリーダーとISLiMソフトウェア開発責任者が、その最新成果を発表しました。これらの発表資料はISLiMのウェブサイト(URL: http://www.csrp.riken.jp/2011/islim-houkokukai2011_j.html)からダウンロードできます。
 二日間という限られた発表時間では、全開発ソフトウェアの詳細についてまでは報告できないため、武田ホール・ホワイエで全開発ソフトウェアについて38枚のポスター展示と説明も行われ、ソフトウェア開発者と参加者による議論がポスターの前で活発に行われていました。
 今回、企業からの参加者から、ISLiMがいかに広くかつ深いレベルで実験も含めたソフトウェア研究開発をしてきたか強く実感できた、という成果報告会での発表を評価するコメントも聞くことができました。しかし、そのことは、ISLiM開発ソフトウェアの価値がプロジェクトの外にあまり届けられていなかったということも意味します。2012年秋にISLiM成果報告会2012を開催すると共に、ISLiMの開発ソフトウェアの価値と利用を普及させる取り組みをさらに進めて行く必要があると考えています。

謝辞 京での計算に関しては京速コンピュータ京の試験利用、2011年3月の特別運用での結果です。

ISLiM 成果報告会2011

BioSupercomputing Newsletter Vol.6

SPECIAL INTERVIEW
新しい流体構造連成解析手法(ZZ-EFSI)の開発によっていち早く高い演算性能を達成
東京大学大学院工学系研究科 特任准教授 杉山 和靖
開発・高度化チームに聞く「京」の実力と高い性能を引き出すために続くチューニングの取り組み
理化学研究所 生命システム研究センター 生命モデリングコア計算分子設計研究グループ
グループディレクター 泰地 真弘人
理化学研究所 次世代計算科学研究開発プログラム 次世代生命体統合シミュレーション研究推進グループ
生命体基盤ソフトウェア開発・高度化チーム 上級研究員 大野 洋介
理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム 高度化推進グループ
高度化推進チーム 上級研究員 小山 洋
理化学研究所 次世代計算科学研究開発プログラム 次世代生命体統合シミュレーション研究推進グループ
生命体基盤ソフトウェア開発・高度化チーム 研究員 舛本 現
理化学研究所 次世代計算科学研究開発プログラム 次世代生命体統合シミュレーション研究推進グループ
生命体基盤ソフトウェア開発・高度化チーム リサーチアソシエイト 長谷川 亜樹
研究報告
全原子分子動力学シミュレーションによる多剤排出トランスポーターAcrBの機能解析
横浜市立大学大学院生命ナノシステム科学研究科 山根 努 / 池口 満徳( 分子スケールWG)
ヒト循環器系のマルチスケールモデリング
理化学研究所 次世代計算科学研究開発プログラム 梁 夫友( 臓器全身スケールWG)
初期サッカード視覚運動系のスパイキングニューロンレベルでのモデル化
京都大学 ジャン・モーレン
奈良先端科学技術大学院大学 柴田 智広
沖縄科学技術大学院大学 銅谷 賢治
(脳神経系WG)
大規模並列用MDコアプログラムの開発
理化学研究所 次世代計算科学研究開発プログラム 大野 洋介(開発・高度化T)
SPECIAL INTERVIEW
複雑な生命現象の理解と予測に向けて計算生命科学の明日を拓く
理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム プログラムディレクター 柳田 敏雄
理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム 副プログラムディレクター 木寺 詔紀
理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム 副プログラムディレクター 江口 至洋
研究報告
全原子モデルにもとづくヌクレオソームポジション変化の自由エネルギープロファイル計算
日本原子力研究開発機構 量子ビーム応用研究部門
河野 秀俊 / 石田 恒 / 米谷 佳晃 / 池部 仁善
(分野1-課題1)
骨格筋の活動の推定と脊髄反射の神経モデル
東京大学情報理工学系研究科 中村 仁彦(分野1-課題3)
報告
ISLiM 成果報告会2011
理化学研究所 次世代計算科学研究開発プログラム 田村 栄悦
高等学校で行った計算生命科学の授業
理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム 鎌田 知佐 / 藤原 康広 / 江口 至洋
イベント情報